小学校6年生の竜司は、図書館に苦い思い出がある。土器のかけらをきっかけに、竜司は、美紀、悠人と遺跡の調べ学習に取りくむことに。図書館へ通ううち、いつしか、竜司の中で何かが変わっていく…。『坂の上の図書館』に続く、もうひとつの物語。