「からくり探偵団」のタクミと草介、風花は、アメリカから来日したトーマスと友だちになる。彼は黒ずくめの男から追われていた。追われる理由を聞かれたトーマスが取り出したのは、ひいおじいちゃんの形見の懐中時計で…。「暗号」いっぱいのミステリー。